อภิชาติ ดำดี เรียนหนังสือชั้นประถมที่โรงเรียนอิศรานุสรณ์และโรงเรียนโภคาพาณิชย์นุกูลที่จังหวัดกระบี่ จากนั้นเข้ามาศึกษาต่อระดับมัธยมที่โรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย กรุงเทพมหานคร เมื่อปี 2516 จนกระทั่งสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีจากคณะเศรษฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์เมื่อปี 2527 ระดับปริญญาโทด้านการจัดการภาครัฐและภาคเอกชนจากคณะรัฐประศาสนศาสตร์ สถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์เมื่อปี 2548 ด้วยผลการเรียนขั้นเกียรตินิยม นอกจากนั้นยังได้รับประกาศนียบัตรชั้นสูงจากหลักสูตรการเมืองการปกครองในระบอบประชาธิปไตยสำหรับนักบริหารระดับสูง สถาบันพระปกเกล้าพร้อมรางวัลโล่พระราชทาน “เอกสารวิชาการส่วนบุคคลดีเด่น” เรื่อง “หลักพระพุทธศาสนากับการส่งเสริมวิถีชีวิตประชาธิปไตย" เมื่อปี 2548 และสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาเอกด้านการพัฒนาและการปฏิรูปองค์การ (DODT : Doctor of Organization Development and Transformation) จากมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ซีบู (Cebu Doctors’ University) ฟิลิปปินส์ เมื่อปี 2552 และสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีอีกสาขาหนึ่ง คือ นิติศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช เมื่อปี 2554

นักกิจกรรมธรรมศาสตร์

ขณะเป็นนักศึกษาธรรมศาสตร์ อภิชาติ ดำดีได้รับการคัดเลือกเป็นตัวแทนเยาวชนประเทศไทยเข้าร่วมโครงการ เรือเยาวชนเอเชียอาคเนย์ (The Ship for Southeast Asian Youth Program) การเข้าร่วมโครงการระดับนานาชาติครั้งนี้ทำให้ดร.อภิชาติมีมุมมองที่เข้าถึงความเป็นไทย และเข้าใจความเป็นสากล จนปัจจุบันนี้ ดร.อภิชาติ ดำดี มีโอกาสได้ศึกษาดูงานต่างประเทศมาแล้ว ทั้งกลุ่มประเทศอาเซียน ญี่ปุ่น เยอรมัน ออสเตรเลีย สหรัฐอเมริกา ศรีลังกา กัมพูชา อิตาลี ไต้หวัน ฯลฯ

ตลอดช่วงชีวิตมหาวิทยาลัย ดร.อภิชาติ ดำดี เป็นนักกิจกรรม รุ่นเดียวกับ สุรพล นิติไกรพจน์, สมคิด เลิศไพฑูรย์, วสันต์ ภัยหลีกลี้, วิฑูรย์ นามบุตร, นพดล ปัทมะ, อัญชลี วานิช เทพบุตร และบุญสม อัครธรรมกุล[1] และมีส่วนร่วมในงานสังคมหลายด้าน จึงได้รับ “เหรียญนักศึกษาผู้ทำชื่อเสียงดีเด่น” และเมื่อจบการศึกษาไปแล้วก็ได้รับ “โล่ศิษย์เก่าผู้ทำคุณประโยชน์” จากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และเป็นหนึ่งในศิษย์เก่าที่ได้รับเกียรติบัตร “ศิษย์เก่าดีเด่น” เนื่องในโอกาสมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ครบรอบ 70 ปี